Proses lahirnya Fakultas Sains dan Teknologi (FST) diawali melalui pengembangan Lembaga Ilmu Dasar MIPA (Basic Natural Science/BNS) di Fakultas Kedokteran. Lembaga ini merupakan salah satu lembaga yang dikembangkan sesuai rencana induk pengembangan Universitas Airlangga tahun 1970-1979. Selanjutnya dari pengembangan lembaga ini, dengan didukung ketersediaan sumberdaya manusia (SDM) serta peralatan yang memadai, lahir Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA).FMIPA berdiri secara resmi melalui SK Rektor Universitas Airlangga Nomor: 6400/PT.03.9/T/1982 tanggal 1 Juli 1982, yang kemudian ditetapkan dengan SK Presiden RI Nomor: 56/1982 tanggal 7 September 1982 tentang Struktur Organisasi Universitas Airlangga. Pendirian program studi di FMIPA diresmikan melalui SK Mendikbud Nomor: 0556/D/1982, yakni S-1 Biologi, S-1 Fisika, S-1 Kimia dan S-1 Matematika.
Pada tahun akademik 1985/1986-1990/1991, FMIPA bersama 8 FMIPA PTN yang lain ditugasi menyelenggarakan pendidikan D-3 kependidikan MIPA, yakni berdasarkan surat keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi Dikbud Nomor: 68/DIKTI/Kep/1987. Pada tahun akademik 1999/2000 dibuka program diploma (D-1 dan D-3) Sistem Informasi di bawah jurusan Matematika dan pada tahun akademik 2002/2003 dibuka program diploma D-3 Otomasi Sistem Instrumentasi di bawah Jurusan Fisika, ketiga program diploma tersebut diresmikan berdasar izin penyelenggaraan berdasar surat Dirjen Dikti No. 1325/D/T/2002 tanggal 5 juli 2002.
Sesuai SK Rektor Universitas Airlangga Nomor: 3294/J03/OT/2008 tanggal 10 April 2008, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) berubaah nama menjadi Fakultas Sains dan Teknologi (FST), seiring dengan adanya program studi baru, yaitu S1 Sistem Informasi, S1 Teknobiomedik, dan S1 Ilmu dan Teknologi Lingkungan.
