Program Studi S2 Matematika merupakan salah satu program studi jenjang magister yang dikelola oleh Fakultas Sains dan Teknologi. Lulusan program ini harus memiliki kualifikasi berupa penguasaan konsep dan pola pikir matematika dalam proses pembelajaran, penelitian, hingga penyelesaian masalah di berbagai sektor kehidupan. Hal ini selaras dengan perancangan kurikulum yang menggunakan 2 (dua) jalur, yakni jalur kuliah dan jalur riset. Jalur kuliah untuk mengakomodir lulusan yang kompeten, sementara jalur riset bertujuan menunjang penelitian dan publikasi bidang matematika. Dengan kedua jalur tersebut, lulusan diharapkan mampu bersaing secara profesional baik di tingkat nasional maupun internasional.
Menjadi pusat pengembangan Matematika dan terapannya dalam bidang life science dengan berlandaskan moral agama.