Penyelenggaraan Program Studi S2 Kimia berlandaskan pada Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor 853/D/T/2008. Program ini memiliki tujuan untuk memenuhi kebutuhan ahli kimia tingkat magister dengan spesifikasi khusus sesuai dengan tuntutan internasional dalam era globalisasi, sehingga lulusan mampu mengikuti perkembangan ilmu kimia dan menerapkannya dalam kehidupan bermasyarakat. Program Studi Magister Kimia terdiri dari bidang minat Kimia Organik, Biokimia, Kimia Analitik dan Kimia Fisik yang termasuk dalam Kimia Sains. Pengembangan tersebut mendukung kemanfaatan ilmu kimia untuk diaplikasikan pada lingkup yang lebih luas seperti di bidang kesehatan, industri, maupun lingkungan.
Menjadi program studi yang unggul di tingkat nasional dan internasional dalam bidang biosains, sintesis, dan analisis kimia menurut asas teknologi yang berkesinambungan melalui pendidikan dan penelitian sains dasar maupun terapan, untuk kesejahteraan masyarakat berbasis moral agama.
