Program studi Doktor Ilmu Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam merupakan salah satu program studi di Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Airlangga. Program Doktor Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam pada awalnya berada di bawah naungan Program Pascasarjana Universitas Airlangga. Namun berdasarkan Surat Keputusan Rektor Nomor 681/H3.8/PPd/2012, Program Doktor MIPA ditempatkan di Fakultas Sains dan Teknologi pada tahun 2012. Program ini awalnya dirancang untuk menggabungkan perkuliahan dan penelitian yang mandiri dan terstruktur. Program ini dirancang untuk diselesaikan dalam waktu 6 (enam) semester atau 3 (tiga) tahun. Namun berdasarkan Keputusan Rektor Nomor 28 Tahun 2017. Program ini dapat ditempuh selama 6 semester.
Menjadi Program Studi S3 yang bersifat mandiri, inovatif, terkemuka di tingkat nasional dan internasional, dan menjadi pelopor pembangunan MIPA berdasar moral agama.